Ks. prof. dr hab. Michał Heller należy do najwybitniejszych współczesnych filozofów polskich. Dzięki gruntownemu wykształceniu przyrodniczemu, zwłaszcza w zakresie fizyki i kosmologii (jego doktorat dotyczył podstawowych problemów kosmologii relatywistycznej), filozoficznemu i teologicznemu objął swoimi zainteresowaniami badawczymi niezwykle obszerny i bogaty obszar.
Ks. prof. dr hab. Michał Heller opublikował prawie 40 książek i kilkaset artykułów, w tym kilka w języku angielskim. Na szczególną uwagę zasługują monografie o ostatecznym wyjaśnianiu Wszechświata, która ukazała się w prestiżowym wydawnictwie Springer Verlag oraz praca zbiorowa o nieskończoności w różnych dyscyplinach, zredagowana przez M. Hellera wspólnie z wybitnym matematykiem amerykańskim H. Woodinem i wydana przez Cambridge University Press.
Dorobek pisarski ks. prof. Hellera można podzielić wedle kilku kryteriów. Znajdują się w nim pozycje ściśle naukowe i popularyzatorskie, monografie i podręczniki czy pozycje z różnych dziedzin filozofii i jej związków z naukami szczegółowymi i teologią. Oto kilka tytułów: „Ewolucja kosmosu i kosmologii” (1983), ” Teoretyczne podstawy kosmologii. Wprowadzenie do globalnej struktury czasoprzestrzeni” (1988), „Dylematy ewolucji” (1990, wspólnie z J. Życińskim), „Szczęście w przestrzeniach Banacha” (1995), „Kosmologia kwantowa” (2001), „Sens życia i sens Wszechświata. Studia z teologii współczesnej” (2002), „Filozofia przyrody. Zarys historyczny” (2004), „Granice kosmosu i kosmologii” (2005), „Ostateczne wyjaśnienie Wszechświata” (2008), „Filozofia nauki” (2008) i „Mechanika kwantowa dla filozofów” (2011, II wyd).
Kosmologia kwantowa jest głównym tematem badań ks. prof. Michała Hellera w materii przyrodoznawstwa. Stara się uzgodnić kwantowe i relatywistyczne modele kosmologiczne. Jest to jedno z podstawowych wyzwań współczesnych teorii Wszechświata. Drugą ważną dziedziną badań ks. prof. Hellera jest filozofia przyrody. Jego program w tej dziedzinie polega na wyprowadzaniu wniosków filozoficznych z podstawowych teorii fizyki, przede wszystkim teorii względności i mechaniki kwantowej. Można powiedzieć, że M. Heller kontynuuje krakowską tradycję filozofii przyrody sięgającą jeszcze początków XX w. Badania ks. prof. M. Hellera w zakresie filozofii przyrody opierają się na bardzo wyraźnych przesłankach metodologicznych. Uważa mianowicie, że Wszechświat ma charakter matematyczny (jest matematyczny) i jako taki tj. ze swej istoty podlega prawidłowościom wyrażalnym w języku matematyki. Teza ta,
niekiedy zwana tezą Hellera usprawiedliwia poszukiwanie z jednej strony treści ontologicznych w nauce, a z drugiej strony treści naukowych w filozofii.